Сильные стороны творческого дарования Магдесяна нашли свое проявление в том, что в его искусстве, рожденном дыханием моря, природой Крыма есть эмоциональное начало, постижение красоты окружающего мира, которые продолжают привлекать силой художественного воплощения.

Живописная техника и мастерство, унаследованные Магдесяном от Айвазовского, обрели свое наиболее яркое и самобытное выражение в период последнего творческого десятилетия художника.

Работы И. К. Айвазовского и Э. Я. Магдесяна сближает прежде всего сила жизненной правды, заложенная в образном языке их произведений, характере изображения морской стихии, живописном мастерстве, утверждающем реалистические традиции в искусстве. «Если в сюжетах ранних работ Айвазовского романтическая струя остро ощутима, то в трактовке, в творческом раскрытии содержания картины всегда заложено ясное реалистическое начало»,- писал искусствовед Н. С. Барсамов. Эти слова в равной степени можно отнести и к искусству Э. Я. Магдесяна.

Творчество Магдесяна связано со всем процессом развития русского искусства второй половины XIX века. Вместе с тем оно представляет интерес и в аспекте изучения истории армянского изобразительного искусства. Произведения Магдесяна обогатили армянскую пейзажную живопись.