После изгнания Врангеля и восстановления в Крыму Советской власти все сохранившиеся картины Магдесяна по указанию Наркомпроса были взяты на учет и переданы Центральному музею Тавриды. Художественный отдел этого музея стал основой для создания в 1927 году Симферопольской картинной галереи. В довоенном собрании галереи находились полотна Э. Я- Магдесяна. Здесь экспонировалась его последняя картина - «Утро». В начале Великой Отечественной войны художественные ценности галереи погибли. Среди них были и произведения Магдесяна.

Шесть картин Э. Я. Магдесяна, которые находятся в настоящее время в Симферопольском художественном музее, поступили в его собрание в течение 1950-1970-х годов.

В творческом наследии Э. Я- Магдесяна сохранились произведения, подписанные автором, но не датированные им. Наибольший интерес представляют картины «Бурное море» и «Весенняя буря на Черном море», хранящиеся в собраниях семьи Л. М. Магдесяна и Н. А. Катюжанской в Москве.

В картине «Бурное море» цветовая гамма построена на серо-зеленоватых оттенках. Основу ее составляет свинцовый тон подмалевка, на котором проложены сине-зеленые прописи. Динамичные трепетные мазки верхнего слоя нанесены белилами. Вода в передаче художника насыщена движением, кружево пены вскипает на гребнях волн. Одна из них рассыпалась брызгами, другая, взмыв вверх, через мгновение обрушится на берег. Следующая за ней набирает силу и накатывается издали валом. Даль моря отделена от неба белеющей над водой полосой облаков. В вышине они клубятся пепельно-серым туманом. В этом небольшом пейзаже стихия моря обрела свою эпическую полноту и в то же время Не утратила поэтичности настроения.