В 1903 году на страницах журнала «Нива» был опубликован рисунок художника «Последний свидетель». Поводом для его создания стало событие, имевшее место в 1886 году. Из всех пассажиров и команды погибшего парохода «Ястреб» удалось спастись лишь одному матросу, который привязал себя к мачте и продержался на ней в течение двух с половиной суток. Он был подобран проходившим купеческим судном.

На рисунке изображена морская буря. Черные грозовые облака, нависшие над водой, почти слились с ней в едином порыве могучей стихии. Художник правдиво передал трагедию человека, обреченного на гибель среди волн бушующего моря.

Одна из лучших картин Магдесяна - «Пустынный берег» - экспонировалась на академической выставке в Петербурге в 1904 году. На полотне безбрежная даль спокойного моря. Небо покрыто легкими облаками. Лучи заходящего солнца освещают необозримое морское пространство. Две небольшие скалы вырисовываются у каменистого пляжа. Тишина. Волны бесшумно набегают на берег. Картина «Пустынный берег» отличается от всего созданного Магдесяном в предшествующее время не только композицией, но и всем образно-художественным строем полотна. В ней передано суровое и торжественное величие морского пейзажа. В цветовой гамме картины преобладают темные монохромные тона. Низкая линия горизонта усиливает впечатление могучей водной стихии. В «Пустынном береге» Магдесяна обращает на себя внимание намеренный отказ автора от сложившихся традиций мариннстической живописи. Это произведение характеризует новизна восприятия природы моря, в нем ярко выражен индивидуальный почерк художника.