К академической выставке 1903 года художник закончил картину «Тучи надвигаются». Это полотно Магдесяна выделяется из числа других монументальной силой и широтой восприятия природы. Пейзаж наполнен большим эпическим звучанием. На картину нашлись покупатели, по художник не захотел с ней расстаться. Она была возвращена в его галерею и всегда вызывала интерес у зрителей.

В полотне «Тучи надвигаются» преобладает темная цветовая гамма. Море написано художником в зеленовато-черной тональности. Цвет в картине значительно усиливает ее эмоциональное восприятие, как бы раскрывая зрителю предощущение надвигающейся бури. Волнение на море нарастает. За малой грядой волн на первом плане набирает силу волна, увенчанная гребнем пены. Плотность красочного слоя темных цветовых плоскостей уступает место легким прозрачным прописям в средней части композиции. В картине передана даль морского пространства, усиленная низкой линией горизонта. Небо покрыто облаками. Они клубятся, то опускаясь темной массой к воде, то, словно озаренные невидимым источником света, начинают растворяться в морском воздухе. В левой части пейзажа вырисовывается скалистый выступ, окутанный серой пеленой тумана.

Работа Магдесяна над картиной была связана с образами, навеянными творчеством армянского поэта-демократа Александра Цатуряна. Об этом известно со слов самого художника. Стихотворение поэта «Бушует море» во многом созвучно живописному впечатлению, переданному художником на полотне.

В картине Магдесяна «Тучи надвигаются», как и в следующей по времени работе «Пустынный берег», отразилось его духовное одиночество, полное драматизма. Эмоциональный строй этих полотен отвечает настроению художника. Могучая и величественная стихия лишена здесь своего жизнеутверждающего начала.