В начале 1900-х годов он вновь обращается к образам природы Северного Крыма. На рисунке «Ночь на берегу Перекопского перешейка» художник изобразил местность недалеко от Армянского Базара- города, с которым были связаны годы его детства и юности. Каркинитский залив полон лунного света. Тихо плещутся волны у отлогого песчаного берега, покрытого морскими водорослями. Тишина и покой царят на пустынном берегу. Лишь верблюды, остановившиеся на ночлег, неслышно жуют траву, не нарушая безмолвия ночи. Луна поднимается все выше над серебристым зеркалом моря. Кисть-художника преобразила унылый прибрежный вид и солончаковую степь Северного Крыма. Воспоминания о прошлом придали эмоциональную окраску пейзажу, изображенному Магдссяном. Рисунок «Ночь на берегу Перекопского перешейка» был опубликован в 1902 году в журнале «Нива».

В конце 1890-х годов живопись Магдесяна становилась все более совершенной. Современники видели в картинах художника не только высокую технику исполнения, унаследованную от Айвазовского, но и яркую самобытность его творческого дарования. Значение искусства Магдесяна нашло свою краткую оценку в «Художественном альбоме памяти И. К. Айвазовского», изданном в 1903 году в Петербурге. В нем художнику посвящены следующие строки: «На морском горизонте живописи после заката светила (Айвазовский) взошло из крымских вод новое блестящее светило - его ученик Эммануил Магдесян». Едва ли эти слова можно назвать преувеличением, зная о повседневном самоотверженном труде художника. В своей работе он всегда стремился к тому, чтобы его творчество оставалось близким и понятным людям, всем, кто любил и ценил искусство. Он старался пробудить интерес к труду художника, дарил некоторые свои картины и этюды тем, для кого они были источником творческого вдохновения и радости.