После возвращения в Симферополь полотна Магдесяна были помещены в картинную галерею, и в будущем им не суждено уже было совершать столь дальние путешествия. Перед отъездом брата Минаса домой Эммануил предложил ему поехать вместе в Армению, увидеть родину предков, те края, о которых они слышали так много от отца и деда. Их замысел осуществился в конце сентября 1901 года. Магдесян посетил Армению уже в зрелом возрасте. Он знал о жизни армянского народа, о трагических страницах его истории. Поэтому ему была особенно дорога эта древняя и многострадальная земля. Здесь перед ним были горы и долины, каменистые дороги, укатанные в течение веков колесами телег, старые церкви, развалины крепостей, камни самых разнообразных оттенков. Все это запечатлелось в памяти Магдесяна и послужило основой для некоторых его работ.

Одна из сохранившихся картин художника «Вид с церковью на фоне Арарата» воссоздает вид Араратской долины. Вдали, в пепельной дымке, вырисовываются седые вершины Арарата. Лучи заходящего солнца освещают стены монастыря. Вечерние тени ложатся на дорогу, на темную зелень травы и кустов. Пустынная местность, спокойная величественная красота горы наводят па раздумья об этой земле, жизни ее людей. Пейзаж художника полон эмоциональной силы.