Магдесян возвратился в Симферополь, подавленный совершившимся. В нем трудно было узнать человека, всегда полного жизненной силы. Художник перестал брать в руки скрипку, которая раньше приносила ему радость во время отдыха. Он проводил долгие часы у мольберта, преодолевая в работе боль и горечь утраты.

В 1900 году Магдесяном была написана картина «Обледенелое судно во время зимнего шторма на Черном море». На полотне изображен корабль, застигнутый в открытом море северной бурей. Ветер набирает силу, и брызги волн, обдающие палубу и мачтовые реи, застывают ледяной корой, грозя потопить судно. Волны вздымают корабль, то приподнимая его, то вновь опуская в бурлящую воду. Почти все небо покрыто темными тучами, и только на востоке лучи зимнего солнца, пробивающиеся сквозь облака, освещают мачту корабля и высокие гребни бушующих волн.

В основе сюжета картины «Ловля китов у берегов Сибири» лежит поединок людей с китом в Охотском море. Выпущенная с корабля острога на канате вонзилась в тело животного. В своем противоборстве с охотниками раненый кит с силой влечет небольшое судно к скалистым берегам и подводным скалам, угрожая жизни людей. На море волнение, черные тучи нависли над водой. Голые скалистые берега лишены растительности. «Ловля китов у берегов Сибири» написана художником по памяти, свободно и легко, со знанием жизни людей, связанных с морем.

Произведения Магдесяна «Обледенелое судно во время зимнего шторма на Черном море» и «Ловля китов у берегов Сибири» не сохранились. Они известны лишь но репродукциям, помещенным в 1900 году в журнале «Нива».