Произведения Магдесяна 1890-х годов заметно отличаются от живописных полотен Айвазовского. В этом можно убедиться, рассмотрев два морских пейзажа Магдесяна «Буря на море» и «Вид моря с парусными лодками» (оба 1898), находящиеся в собрании Государственной картинной галереи Армении. В отличие от «голубых марин» Айвазовского, написанных в легкой тональной гамме голубых и синих оттенков, наполненных воздухом и светом, Магдесян сохраняет в живописи плотную фактуру мазка, накладывая друг на друга прописи коричневатых и фиолетовых тонов. В картине «Вид моря с парусными лодками» водная поверхность передается сплошными темными плоскостями, написанными широкой кистью. Верхний слой полотна покрыт динамичной живописной лепкой свинцовых белил. В отличие от Магдесяна, в основном предпочитающего длительный процесс письма, Айвазовский старался достигнуть художественной завершенности полотна, работая по сырому красочному слою, и лишь после этого прорабатывал детали волн, кружево пены, заканчивая исполнение кладкой бликов. В произведениях Айвазовского и Магдесяна значительно различается и фактура живописных мазков. В литературе об Айвазовском упоминается о том, что художник часто подрезал кисти, и они оставляли борозды и зигзаги на красочном слое. В процессе создания картины у Магдесяна заметна намеренная обобщенность в решении живописной поверхности и в структуре красочного слоя, а на заключительном этапе он использовал корпусные прописки и лессировки.

Техника лессировки нашла широкое применение как в живописи Айвазовского, так и в работах Магдесяна, но при этом имела определенное отличие. Айвазовский лессировал волны по полусухому подмалевку, тем самым достигая особого светового эффекта и прозрачности в передаче воды. Магдесян прокладывал лессировки по основному тону и утемнял отдельные цветовые плоскости картины.