В своих картинах и этюдах Магдесян стремился к художественной правде, к верному изображению природы. Достигнуть этого ему помогали изучение и знание натуры, профессионализм и упорный, настойчивый труд. Длительная работа Магдесяна над этюдами внесла новые черты в его понимание живописного образа, сложившегося в произведениях художника в конце 1890-х годов. Одна из лучших картин этого времени - «Ночь на Черном море». Ночной пейзаж полон спокойствия. Волны набегают на берег, а одна из них, разбившись о прибрежный валун, рассыпалась алмазными брызгами. Небо покрыто тучами, сквозь которые еле видна луна. В ночной темноте вода кажется почти черной, а в местах, освещенных лунным светом, она вспыхивает белым огнем. Экспрессивно положенные мазки, отливающие серебром, создают живую игру света. У берега вода прозрачная, она отсвечивает голубыми оттенками, а на глубине с зеленоватым отливом. Вдали виднеется парус.

В конце 1898 года Магдесян завершил работу над полотном «Начало бури». Тринадцать лет назад он впервые выставил свою ученическую работу с тем же названием на выставке в Академии художеств. Его новое произведение значительно отличалось от старого силой художественного выражения, мастерством композиции. Это была работа зрелого художника, который сумел передать на полотне мятежный дух морской стихии, бурные волны осеннего моря. Оно расстилалось перед глазами -грозное и неистовое. Магдесян представил свое произведение на академическую выставку 1899 года.

И. Е. Репин, хорошо знакомый с работами Магдесяна и одобрявший их, выделил на выставке картину «Начало бури» и посоветовал художнику сохранить се в своей картинной галерее «как редкостно живое отражение кипящих и пенящихся волн». Отзыв Репина был опубликован в журнале «Ушарар», издававшемся в Тифлисе на армянском языке.