К 1880 году, времени учебы в Академии, относится самая ранняя из сохранившихся работ Магдесяна- картина «В окрестностях Аюдага». Здесь запечатлен уголок Южного берега Крыма близ Карасанских окрестностей со стороны, противоположной Гурзуфу. Вдали виднеется белоснежная дача Раевских. Вечерние лучи солнца освещают силуэт горы, окутанной сиреневой дымкой. Спокойная гладь воды оживлена едва заметным движением волн. На берегу, невдалеке от крымских сосен с пышными кронами, изображена группа людей. Пейзаж напоен морским воздухом и согрет красками южной природы. Работа Магдесяна отличается тонкой передачей живописных нюансов. Они ощутимы в переходах мягкого рассеянного света, бликах, лежащих па воде, зелени кустов и деревьев. Мазки художника легко положены на холст, порою выявляя основу подмалевка. Голубовато-сиреневый колорит картины построен на спокойных тональных градациях.

В дни весенней академической выставки 1884 года мастерскую, где работал Магдесян, посетил Айвазовский. Он отметил лучшие живописные работы и этюды, обратил внимание на технику письма. Айвазовский пригласил Эммануила провести лето в Феодосии и поработать в окрестностях города. После этого Магдесян ежегодно бывал в Феодосии. Особенно ему запомнились летние месяцы 1885 года. Ранним утром с этюдником, красками и альбомом Магдесян уходил к морю. Он любовался его изменчивой красотой в разные часы дня, скалистыми берегами, освещенными лучами заходящего солнца. Этюды и зарисовки, выполненные с натуры, Магдесян использовал в работе над картинами, созданными во время своего пребывания в мастерской Айвазовского. В эти дни он увлеченно трудился, всегда чувствуя внимание и помощь со стороны учителя. Они часто работали вместе. Стараясь постичь тонкости живописного мастерства, Магдесян, стоя у мольберта Айвазовского, наблюдал, с каким виртуозным мастерством ложились краски на холст и как рождался на полотне пейзаж, запомнившийся художнику.